Το Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα στη Διοίκηση Επιχειρήσεων για Στελέχη - Executive MBA" στις ακόλουθες κατευθύνσεις:
1. Ελεγκτική - Εταιρική Διακυβέρνηση
2. Διοικητική Επιστήμη
3. Διοίκηση και Οργάνωση Επιχειρήσεων
4. Τραπεζική και Χρηματοοικονομική Μηχανική
Το ΠΜΣ διαρκεί δυο εξάμηνα και υλοποιείται σε περιβάλλον μικτής διαδικασίας μάθησης με πρότυπες συνδυαστικές μορφές εκπαίδευσης, που συνδυάζουν: (α) δια ζώσης μαθήματα και σεμινάρια, η παρακολούθηση των οποίων είναι υποχρεωτική και (β) πρότυπες διαδικασίες ηλεκτρονικής μάθησης. Η παρακολούθηση των μαθημάτων και η συμμετοχή στις κάθε είδους εκπαιδευτικές δραστηριότητες, όπως εργασίες, ασκήσεις κ.λ.π. είναι υποχρεωτική.