Η Σχολή Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών του ΕΜΠ σε συνεργασία με τη Σχολή Μηχανολόγων Μηχανικών και τη Σχολή Ναυπηγών Μηχανολόγων Μηχανικών του ΕΜΠ οργανώνουν και λειτουργούν Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΠΜΣ) με τίτλο «Εφαρμοσμένες Μαθηματικές Επιστήμες» το οποίο περιλαμβάνει τις εξής ροές:
Ροή Α: Ανάλυση και Διαφορικές Εξισώσεις
Ροή Β: Υπολογιστικά Μαθηματικά
Ροή Γ: Στατιστική και Πιθανότητες
Ροή Δ: Μαθηματικά της Πληροφορικής
Ροή Ε: Αλγεβρικές, Γεωμετρικές και Τοπολογικές Δομές