Η Εθνική Σχολή Δημόσιας Υγείας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Διοίκηση Υπηρεσιών Υγείας" στις ακόλουθες κατευθύνσεις:
α. Γενική Κατεύθυνση
β1. Οικονομική Αξιολόγηση
β2. Οικονομική Αξιολόγηση, για στελέχη των ενόπλων δυνάμεων
γ. Διοίκηση Νοσηλευτικών Υπηρεσιών
Η φοίτηση στα ΠΜΣ είναι είτε πλήρης, (2 ακαδημαϊκά εξάμηνα) είτε μερική (4 ακαδημαϊκά εξάμηνα).