Το Τμήμα Μηχανικών Περιβάλλοντος του Πολυτεχνείου Κρήτης παρέχει τη δυνατότητα εκπόνησης Διδακτορικής Διατριβής για την απόκτηση του τίτλου του Διδάκτορος/α σε όλα τα επιμέρους γνωστικά αντικείμενα της Σχολής. Ο χορηγούμενος τίτλος είναι του «Διδάκτορα της Σχολής Μηχανικών Περιβάλλοντος του Πολυτεχνείου Κρήτης».
Για το Ακαδημαϊκό έτος 2018-19 ως πρώτη καταληκτική ημερομηνία υποβολής αιτήσεων ορίζεται η 31η Ιουλίου 2018. Η επόμενη καταληκτική ημερομηνία υποβολής αιτήσεων είναι η 30η Νοεμβρίου 2018.