Το Πρόγραμμα Υποτροφιών αποτελεί μια από τις βασικότερες προτεραιότητες του Ιδρύματος. Στόχος του Προγράμματος είναι η στήριξη νέων επιστημόνων και σπουδαστών από την Κύπρο και την Ελλάδα που επιθυμούν να πραγματοποιήσουν μεταπτυχιακές σπουδές (Μάστερ ή Διδακτορικό) σε οποιοδήποτε επιστημονικό πεδίο, πάντα με την Κύπρο ως θεματικό άξονα της πτυχιακής τους εργασίας. Απαραίτητη προϋπόθεση, δηλαδή, είναι η νήσος Κύπρος να αποτελεί το κεντρικό θέμα μελέτης της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας ή διδακτορικής διατριβής, ανεξαρτήτως αντικειμένου σπουδών.