Το Π.Μ.Σ. «Ψηφιακές Ανθρωπιστικές Επιστήμες: μέθοδοι, εργαλεία, πρακτικές» διαρθρώνεται σε τέσσερα (4) ακαδημαϊκά εξάμηνα, τα οποία περιλαμβάνουν:
οκτώ (8) Θεματικές Ενότητες (Θ.Ε.): πέντε (5) υποχρεωτικές και τρεις (3) επιλογής,
δύο (2) υποχρεωτικές Εργαστηριακές Θεματικές Ενότητες (Ε.Θ.Ε.) και
Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία (Μ.Δ.Ε.).