Το Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα στη Διοίκηση Επιχειρήσεων για Στελέχη - Executive MBA" στις ακόλουθες κατευθύνσεις:
1. Ελεγκτική - Εταιρική Διακυβέρνηση
2. Διοικητική Επιστήμη
3. Διοίκηση και Οργάνωση Επιχειρήσεων
4. Τραπεζική και Χρηματοοικονομική Μηχανική