Το πρόγραμμα υποτροφιών αποτελεί μια από τις βασικότερες προτεραιότητες του Ιδρύματος. Στόχος του είναι η στήριξη νέων επιστημόνων και σπουδαστών από την Κύπρο και την Ελλάδα που επιθυμούν να πραγματοποιήσουν μεταπτυχιακές σπουδές (Μάστερ ή Διδακτορικό) σε οποιοδήποτε επιστημονικό πεδίο, αλλά με την Κύπρο ως θεματικό άξονα της πτυχιακής τους εργασίας. Βασική προϋπόθεση δηλαδή, είναι η νήσος Κύπρος να αποτελεί το κεντρικό θέμα μελέτης της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας ή της διδακτορικής τους διατριβής, ανεξαρτήτου αντικειμένου σπουδών.