Το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας σε συνεργασία με το Τμήμα Φιλολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης λειτουργούν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: "Βυζαντινός και Μεσαιωνικός Κόσμος", με τις ακόλουθες ειδικεύσεις:
α) Βυζαντινή Ιστορία.
β) Ευρωπαϊκή Μεσαιωνική Ιστορία.
γ) Βυζαντινή Αρχαιολογία και Ιστορία της Βυζαντινής Τέχνης.
δ) Βυζαντινή Φιλολογία
Η απαιτούμενη χρονική διάρκεια για την απονομή του Δ.Μ.Σ. ορίζεται σε τέσσερα (4) εξάμηνα.