Η Σχολή Ανθρωπιστικών Επιστημών του Διεθνούς Πανεπιστημίου της Ελλάδος οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο: «Ορθόδοξη Οικουμενική Θεολογία» (Master in Orthodox Ecumenical Theology [Μ.ΟΕΤ]).
Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών απονέμει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.) στις εξής κατευθύνσεις: