Η Εθνική Σχολή Δημόσιας Υγείας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Δημόσια Υγεία" στις ακόλουθες κατευθύνσεις:
1. Γενική Κατεύθυνση
2. Λοιμώδη Νοσήματα - Εργαστηριακή Δημόσια Υγεία
3. Προαγωγή της υγείας παιδιών και εφήβων-Σχολική Υγιεινή
Η φοίτηση στα ΠΜΣ είναι είτε πλήρης, (2 ακαδημαϊκά εξάμηνα) είτε μερική (4 ακαδημαϊκά εξάμηνα).