Το Τμήμα Μαθηματικών και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Μαθηματικά και Εφαρμογές τους».
Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) στα «Μαθηματικά και Εφαρμογές τους», στις εξής ειδικεύσεις:
Ι) Θεωρητικά Μαθηματικά.
II) Μαθηματικά της Πληροφορικής.
III) Εφαρμοσμένα Μαθηματικά: Διαφορικές Εξισώσεις και Αριθμητικές Μέθοδοι.