Το Παιδαγωγικό Τμήμα Προσχολικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Κρήτης, λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο: «Επιστήμες της Αγωγής: Θεωρία και Εφαρμογές» με δύο ειδικεύσεις:
(α) «Θεωρία και Πράξη στην Προσχολική Εκπαίδευση» και
(β) «Ανθρωπιστικές Επιστήμες στην Εκπαίδευση».
Η διάρκεια του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών είναι 4 ακαδημαϊκά εξάμηνα.