Το Τμήμα Στρατιωτικών Επιστημών της Στρατιωτικής Σχολής Ευελπίδων λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο: «Κρυπτογραφία, Ασφάλεια και Συστήματα Πληροφοριών» με τις παρακάτω κατευθύνσεις:
Κρυπτογραφία και Κυβερνοασφάλεια με ειδίκευση στην Κρυπτογραφία ή την Κυβερνοασφάλεια
Πληροφοριακό Πόλεμο με ειδίκευση στα Συστήματα Διοίκησης και Ελέγχου ή τον Ηλεκτρονικό Πόλεμο
Γεωπληροφοριακά Συστήματα με ειδίκευση στα Γεωγραφικά Συστήματα Πληροφοριών ή τις Εφαρμογές Γεωπληροφοριών.
Η χρονική διάρκεια του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών είναι 4 ακαδημαϊκά εξάμηνα.