To Τμήμα Γεωπονίας, Φυτικής Παραγωγής και Αγροτικού Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο: "Μεσογειακά Συστήματα Αγροτικής Παραγωγής", με δύο κατευθύνσεις:
Αειφορική Γεωργία και Βελτίωση Φυτών
Τομείς Αιχμής στην Παραγωγή Οπωροκηπευτικών
Η χρονική του διάρκεια είναι 2 ακαδημαϊκά εξάμηνα.