Το 1ο Μαθητικό Συνέδριο «Η θεολογία διαλέγεται με τον σύγχρονο κόσμο» που διεξήχθη κατά το προηγούμενο σχολικό έτος είχε στόχο την θεσμοθέτηση ενός Μαθητικού Συνεδρίου, μέσω του οποίου θα δινόταν η δυνατότητα να συναντηθούν μαθητές διαφορετικής θρησκείας και να διερευνήσουν θεολογικά ζητήματα, να αναζητήσουν ήθη και έθιμα συνυφασμένα και με την θρησκεία τους, να μελετήσουν θέματα που άπτονται της επιστήμης αλλά και της θρησκείας και να πάρουν θέση απέναντι σε κοινωνικά και άλλα προβλήματα εξετάζοντάς τα και υπό το πρίσμα της ηθικής.
Μετά την επιτυχή διεξαγωγή του και κατόπιν αιτήματος πολλών εκπαιδευτικών και μαθητών που συμμετείχαν σε αυτό (1100 μαθητές και 120 εκπαιδευτικοί από όλα τα σχολεία της Ελλάδας και το Τμήμα Εκμάθησης Ελληνικής Γλώσσας της Αρχιεπισκοπής Θυατείρων και Βρετανίας), ξεκίνησε η διοργάνωση του 2ου Μαθητικού Συνεδρίου «Η θεολογία διαλέγεται με το σύγχρονο κόσμο» για το σχολικό έτος 2015-2016. Το Συνέδριο θα διεξαχθεί στις 27-28/02/2016 στη Θεσσαλονίκη στο Μουσείο Βυζαντινού Πολιτισμού, χορηγό του Συνεδρίου, και τη διοργάνωσή του θα αναλάβει το 1ο Πειραματικό ΓΕΛ Θεσ/νικης «Μανόλης Ανδρόνικος» με την επιστημονική καθοδήγηση και εποπτεία του Προέδρου της Επιστημονικής Επιτροπής κ. Χαρίτωνα Πολάτογλου και του Σχολικού Συμβούλου Αν. Θεσσαλονίκης κ. Πολύβιου Στράντζαλη.
Το Συνέδριο φιλοξενεί συμμετοχές μαθητών από Γυμνάσια και Λύκεια όλης της Ελλάδας και από σχολεία του ελληνισμού στο εξωτερικό.