Η τριτοβάθμια εκπαίδευση στη Γερμανία παρέχεται από 421 αναγνωρισμένα από το κράτος ιδρύματα (προκαταρκτική εκτίμηση για το έτος 2011/2012) και πιο συγκεκριμένα από 108 Πανεπιστήμια (Universitäten), 210 Πανεπιστήμια Εφαρμοσμένων Επιστημών (Fachhochschulen), 52 Σχολές Καλών Τεχνών (Kunsthochschulen), 16 Θεολογικές Σχολές (Theologische Hochschulen), 6 Παιδαγωγικές Σχολές (Pädagogische Hochschulen) και 29 Σχολές Δημόσιας Διοίκησης (Verwaltungsfachhochschulen). Υπάρχουν επίσης περίπου 100 ιδιωτικά Πανεπιστήμια. Γλώσσα διδασκαλίας στα γερμανικά πανεπιστήμια είναι η γερμανική, υπάρχουν όμως και πάνω από 900 διεθνή προγράμματα σπουδών που πραγματοποιούνται εξολοκλήρου ή εν μέρει στην αγγλική γλώσσα.
Σε κάθε Πανεπιστήμιο υπεύθυνη υπηρεσία για θέσεις φοίτησης σε αλλοδαπούς υποψηφίους και για την παροχή όλων των απαραίτητων πληροφοριών, είναι η Ακαδημαϊκή Υπηρεσία Αλλοδαπών (Akademisches Auslandsamt) ή το Τμήμα Διεθνών Σχέσεων (Dezernat für Internationale Beziehungen).
Η πανεπιστημιακή εκπαίδευση στη Γερμανία δεν είναι κεντρικά συντονισμένη. Κάθε ένα από τα 16 ομοσπονδιακά κρατίδια έχει τη δική του νομοθεσία για την τριτοβάθμια εκπαίδευση και τις δικές του κατευθυντήριες γραμμές. Σε ένα μεταπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών οι προϋποθέσεις εισαγωγής, τα απαιτούμενα δικαιολογητικά, οι προθεσμίες υποβολής των αιτήσεων, καθώς και τα κριτήρια επιλογής διαφέρουν κατά περίπτωση και ανακοινώνονται από τις σχολές στις ιστοσελίδες τους. Γενικά, μια σημαντική προϋπόθεση αποτελεί η πιστοποιημένη γνώση της γερμανικής γλώσσας. Εξαίρεση αποτελούν τα αγγλόφωνα προγράμματα, για τα οποία απαιτείται γνώση της αγγλικής. Επίσης, το πανεπιστημιακό πτυχίο πρέπει να είναι τουλάχιστον τριετούς φοίτησης (Bachelor) και κατάλληλο για την πρόσβαση σ' ένα τέτοιο πρόγραμμα σπουδών. Οι αιτήσεις για τα μεταπτυχιακά προγράμματα πρέπει να απευθύνονται απευθείας στα πανεπιστήμια. Υπάρχει επίσης η δυνατότητα η αίτηση να γίνει μέσω της υπηρεσίας uni-assist, αν το πανεπιστήμιο στο οποίο απευθύνεται η αίτηση είναι μέλος της. Η uni-assist πραγματοποιεί ένα προέλεγχο των αιτήσεων και των δικαιολογητικών των υποψηφίων, ενημερώνει τους υποψηφίους για την αρτιότητά τους, και προωθεί τις αιτήσεις στα συνεργαζόμενα πανεπιστήμια.
Τα περισσότερα γερμανικά πανεπιστήμια χρηματοδοτούνται από το κράτος. Μερικά ομόσπονδα κρατίδια της Γερμανίας (Hamburg, Nordrhein-Westfalen, Bayern, Baden-Württemberg, Niedersachsen) καθιέρωσαν, ωστόσο, την εισαγωγή περιορισμένου ύψους διδάκτρων (500,- €/εξάμηνο, εξαίρεση Αμβούργου με 375,- €/εξάμηνο). Κάποια πανεπιστήμια έχουν καθιερώσει δίδακτρα αποκλειστικά και μόνο για τα μεταπτυχιακά προγράμματα, για εξωπανεπιστημιακούς - επισκέπτες φοιτητές ή για φοιτητές που σπουδάζουν για πολύ μακρύτερο χρονικό διάστημα απ' την συνήθη περίοδο σπουδών. Στις περισσότερες περιπτώσεις, τα ιδιωτικά πανεπιστήμια χρεώνουν δίδακτρα.
Όλοι οι φοιτητές στη Γερμανία πρέπει να καταβάλουν συμμετοχή εξαμήνου (Semesterbeitrag), που συνήθως κυμαίνεται από 200-250€. Με το τέλος αυτό χρηματοδοτείται η φοιτητική σίτιση, η στέγαση, οι αθλητικές δραστηριότητες και συνήθως συμπεριλαμβάνει το εισιτήριο εξαμήνου. Με το εισιτήριο αυτό οι φοιτητές μπορούν να μετακινούνται δωρεάν με όλα τα μέσα μαζικής μεταφοράς για ένα εξάμηνο.
Κάθε χρόνο η DAAD (Γερμανική Υπηρεσία Ακαδημαϊκών Ανταλλαγών) χορηγεί υποτροφίες σε φοιτητές και απόφοιτους ελληνικών Πανεπιστημίων, σε υποψηφίους διδάκτορες, σε ερευνητές μεταδιδακτορικού επιπέδου, καθώς και σε καθηγητές πανεπιστημίων. Εκτός από την DAAD, υπάρχουν στη Γερμανία και άλλοι οργανισμοί που προσφέρουν υποτροφίες, για τους ισχύοντες όρους και προϋποθέσεις αποφασίζουν οι ίδιοι οι οργανισμοί.