Το Τμήμα Εφαρμοσμένης Πληροφορικής του Πανεπιστημίου Μακεδονίας, οργανώνει και υλοποιεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) στην "Εφαρμοσμένη Πληροφορική" (MSc in Applied Informatics).
Το Π.Μ.Σ. περιλαμβάνει τις παρακάτω ειδικεύσεις:
Η συνολική διάρκεια των σπουδών για το Πρόγραμμα πλήρους φοίτησης είναι τρία ακαδημαϊκά εξάμηνα. Για το Πρόγραμμα μερικής φοίτησης η χρονική διάρκεια είναι δύο (2) επιπλέον εξάμηνα.