Το Παιδαγωγικό Τμήμα Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Πολιτική, Διοίκηση και Αξιολόγηση στην Εκπαίδευση» (Master in Policy, Management and Evaluation in Education) με τις εξής ειδικεύσεις:
1. «Πολιτική και Διοίκηση της Εκπαίδευσης» (Policy and Management of Education)
2. «Αξιολόγηση στην Εκπαίδευση» (Evaluation in Education)
Η χρονική διάρκεια για την απονομή του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΜΣ) του Προγράμματος ορίζεται σε τέσσερα (4) ακαδημαϊκά εξάμηνα.