Το Παιδαγωγικό Τμήμα Ειδικής Αγωγής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Επιστήμες της Αγωγής: Ειδική Αγωγή» στις κάτωθι ειδικεύσεις:
1. Ειδική Αγωγή και Ενταξιακή πράξη
2. Μαθησιακές Δυσκολίες
Ως ελάχιστη χρονική διάρκεια για την ολοκλήρωση του προγράμματος θεωρούνται τα δύο (2) πλήρη έτη.