Το Παιδαγωγικό Τμήμα Ειδικής Αγωγής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Συμβουλευτική Ψυχολογία και Συμβουλευτική στην Ειδική Αγωγή, την Εκπαίδευση και την Υγεία».
Το Π.Μ.Σ προσφέρει δύο υποχρεωτικές κατευθύνσεις:
Το Π.Μ.Σ. «Συμβουλευτική Ψυχολογία και Συμβουλευτική στην Ειδική Αγωγή, την Εκπαίδευση και την Υγεία» χαρακτηρίζεται εντατικό και διαρθρώνεται σε δύο (2) έτη και συγκεκριμένα σε τέσσερα ακαδημαϊκά εξάμηνα και δύο θερινές περιόδους.