Το Τμήμα Μεσογειακών Σπουδών του Πανεπιστημίου Αιγαίου λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Αρχαιολογία της Ανατολικής Μεσογείου».
Σκοπός του Π.Μ.Σ. είναι οι μ.φ. του προγράμματος να αποκτήσουν ολιστικά γνώσεις για την Ανατολική Μεσόγειο κατά την αρχαιότητα, μέσα από όλες τις διαστάσεις της, ταυτόχρονα μυούνται στην ερευνητική διαδικασία, αλλά και στις διαδικασίες της συμμετοχικής έρευνας στο πλαίσιο της αρχαιολογικής θεωρίας και στη βάση των ερευνητικών μεθόδων, οι οποίες προτείνονται στο χώρο των αρχαιογνωστικών επιστημών και δη της αρχαιολογίας. Στο πλαίσιο αυτό, οι μ.φ. εμπλέκονται σε εμπειρικές έρευνες ενεργοποιώντας θεωρίες, τεχνικές, στρατηγικές και μεθοδολογικές προσεγγίσεις που άπτονται κατεξοχήν των ερευνητικών αντικειμένων και ενδιαφερόντων του Π.Μ.Σ.
Η χρονική διάρκεια φοίτησης για την απονομή του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) ορίζεται σε (3) εξάμηνα, δύο (2) διδακτικά και ένα (1) εξάμηνο ερευνητικό που αφορά στην εκπόνηση της Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας, πλήρους και υποχρεωτικής φοίτησης.
Η διδασκαλία των διδακτικών εξαμήνων πραγματοποιείται με μέσα εξ αποστάσεως εκπαίδευσης σε ποσοστό 100%.