Το Τμήμα Θεολογίας της Θεολογικής Σχολής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών οργανώνει λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Η Θεολογία στον Σύγχρονο Κόσμο» (MA Theology in Contemporary World) με τις εξής ειδικεύσεις:
1. «Θρησκευτικός Τουρισμός» (Religious Tourism)
2. «Θεολογία, Εκπαίδευση και Διαπολιτισμική Επικοινωνία» (Theology, Education and Intercultural Communication)
3. «Εκκλησία, Διαθρησκειακός Διάλογος και Διεθνείς Σχέσεις» (Church, Interreligious Dialogue and International Relations)
Η χρονική διάρκεια φοίτησης στο ΠΜΣ που οδηγεί στη λήψη Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΜΣ) ορίζεται σε τέσσερα (4) ακαδημαϊκά εξάμηνα για τους μεταπτυχιακούς φοιτητές πλήρους φοίτησης και σε έξι (6) ακαδημαϊκά εξάμηνα για τους μεταπτυχιακούς φοιτητές μερικής φοίτησης, στα οποία περιλαμβάνεται και ο χρόνος εκπόνησης διπλωματικής εργασίας.