Το Τμήμα Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Πλανητική Περιβαλλοντική Αλλαγή, Διαχείριση και Τεχνολογία» (Master in Global Environmental Change, Management and Technology) με τις κατευθύνσεις:
1. Περιβαλλοντική Πολιτική και Διατήρηση Βιοποικιλότητας (Environmental Policy and Biodiversity Conservation)
2. Οικολογική Μηχανική, Ενέργεια και Κλιματική Αλλαγή (Ecological Engineering, Energy and Climate Change)
3. Έρευνα στις Επιστήμες Περιβάλλοντος (Research in Environmental Sciences)
Η χρονική διάρκεια φοίτησης για την απονομή του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών ορίζεται σε τρία (2) διδακτικά εξάμηνα και (1) εξάμηνο για την εκπόνηση διπλωματικής εργασίας.