Η Ιατρική Σχολή, το Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Υλικών, το Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών του Πανεπιστημίου Κρήτης, η Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών του Πολυτεχνείου Κρήτης και το Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας λειτουργούν το Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών με τίτλο: "Βιο-Ιατρική Μηχανική".
Το πρόγραμμα απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΜΣ) στην Βιοϊατρική Μηχανική - Master of Science in Biomedical Engineering (BE) 90 πιστωτικών μονάδων (ΠΜ) (ECTS). To πρόγραμμα παρέχει επίσης τη δυνατότητα ειδικεύσεων μέσω ερευνητικής διπλωματικής εργασίας 30 επιπλέον Πιστωτικών Μονάδων στις εξής τρείς θεματικές ενότητες του (modules), ήτοι:
1. Σύνθεση και Κατασκευή Ιστών, Μοριακή Διαγνωστική και θεραπεία (Biofabrication Molecular Diagnostics and Therapy)
2. Bιo-Ιατρική Απεικόνιση (Bio-Medical Imaging)
3. Ιατρικά Πληροφοριακά Συστήματα (Medical Information Systems)
Η ελάχιστη χρονική διάρκεια φοίτησης για την απονομή Δι-ιδρυματικού Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΠΜΣ) είναι 15 μήνες. Για τους φοιτητές οι οποίοι θα επιλεγούν, κατόπιν αίτησής τους, να εκπονήσουν ερευνητική διπλωματική εργασία για εξειδίκευση σε μια από τις προαναφερθείσες θεματικές ενότητες, η ελάχιστη διάρκεια φοίτησης επεκτείνεται στα δύο ακαδημαϊκά έτη.