Το Τμήμα Μεσογειακών Σπουδών του Πανεπιστημίου Αιγαίου λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Αρχαιολογία της Ανατολικής Μεσογείου από την Προϊστορική Εποχή έως την Ύστερη Αρχαιότητα: Ελλάδα, Αίγυπτος, Εγγύς Ανατολή».
Η χρονική διάρκεια φοίτησης για την απονομή του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών ορίζεται σε τρία (3) εξάμηνα.