Το Παιδαγωγικό Τμήμα Ειδικής Αγωγής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Συμβουλευτική Ψυχολογία και Συμβουλευτική στην Ειδική Αγωγή, την Εκπαίδευση και την Υγεία».
Το Π.Μ.Σ προσφέρει δύο υποχρεωτικές κατευθύνσεις: