Το Τμήμα Φυσικής του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών Φυσικής με Ειδικεύσεις στη Θεωρητική και στην Πειραματική Φυσική».
Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) στη Φυσική με τις εξής ειδικεύσεις:
1. «Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Φυσική με Ειδίκευση στη Θεωρητική Φυσική»
2. «Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Φυσική με Ειδίκευση στην Πειραματική Φυσική»