Το Τμήμα Γερμανικής Γλώσσας και Φιλολογίας του Ε.Κ.Π.Α. οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Γερμανική Φιλολογία: Θεωρία - Εφαρμογές" (MSc in German Philology: Theoryand Applications) με τις εξής ειδικεύσεις:
1. Γερμανική Λογοτεχνία - Ελληνογερμανικές σχέσεις στη λογοτεχνία, τον πολιτισμό και τις τέχνες (German Literature - Greek-German Interrelations in Literature, Culture and the Arts)
2. Διεπαφές Γλωσσολογίας και Διδακτικής (Interfaces between Linguistics and Didactics).
Η φοίτηση στο πρόγραμμα έχει διάρκεια δύο ετών.