Το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών σε συνεργασία με το Γενικό Τμήμα του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας λειτουργούν το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Λογιστική και Ελεγκτική».
Το Π.Μ.Σ. «Λογιστική και Ελεγκτική» διαρθρώνεται σε τρία ακαδημαϊκά εξάμηνα.