Το Γενικό Τμήμα του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο: «Δημόσια Διοίκηση και Τοπική Αυτοδιοίκηση», με δύο (2) ειδικεύσεις:
α) Δημόσια Διοίκηση
β) Τοπική Αυτοδιοίκηση
Η χρονική διάρκεια του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών ορίζεται σε τρία (3) διδακτικά εξάμηνα, εκ των οποίων το τρίτο διατίθεται για την εκπόνηση της διπλωματικής εργασίας.