Το Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών & Μηχανικών Υπολογιστών και το Τμήμα Μηχανολόγων Μηχανικών του Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου οργανώνουν και λειτουργούν από κοινού Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στα «Ενεργειακά Συστήματα» με έδρα το Ηράκλειο.
Η χρονική διάρκεια του είναι τρία (3) εξάμηνα, εκ των οποίων το τρίτο διατίθεται για την εκπόνηση και εξέταση της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας.