Η Σχολή Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών (ΕΜΦΕ) σε συνεργασία με τις Σχολές Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών, Χημικών Μηχανικών, Μηχανολόγων Μηχανικών, Μηχανικών Μεταλλείων Μεταλλουργών του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου και τα Ινστιτούτα Νανοεπιστήμης και Νανοτεχνολογίας του ΕΚΕΦΕ «Δημόκριτος», Θεωρητικής και Φυσικής Χημείας του Ε.Ι.Ε. και Ηλεκτρονικής Δομής και Λέιζερ του Ι.Τ.Ε., λειτουργεί Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Μικροσυστήματα και Νανοδιατάξεις».
Η ελάχιστη χρονική διάρκεια για την απονομή του ΔΜΣ ορίζεται σε τρία (3) ακαδημαϊκά εξάμηνα.