Το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας της Φιλοσοφικής Σχολής του Α.Π.Θ. οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο: «Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στην Ιστορική Έρευνα» στις εξής ειδικεύσεις:
α) Αρχαίας Ελληνικής και Ρωμαϊκής Ιστορίας
β) Βυζαντινής και Μεσαιωνικής Ιστορίας
γ) Νεότερης και Σύγχρονης Ιστορίας
Η χρονική διάρκεια για την απονομή του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) ορίζεται σε τέσσερα ακαδημαϊκά εξάμηνα.