Το Τμήμα Θεολογίας της Θεολογικής Σχολής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών οργανώνει λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Ορθόδοξη Θεολογία» (ΜΑ in Orthodox Theology) με τις εξής ειδικεύσεις:
1. «Βιβλικές Σπουδές» (BiblicalStudies)
2. «Πατερικές και Ιστορικές Σπουδές - Χριστιανική Αρχαιολογία» (Patristic and Historical Studies - Christian Archaeology)
3. «Συστηματική Θεολογία και Επιστήμες της Αγωγής» (Systematic Theology and Education Sciences)
Η χρονική διάρκεια φοίτησης στο ΠΜΣ που οδηγεί στη λήψη Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΜΣ) ορίζεται σε τέσσερα (4) ακαδημαϊκά εξάμηνα για τους μεταπτυχιακούς φοιτητές πλήρους φοίτησης και σε έξι (6) ακαδημαϊκά εξάμηνα για τους μεταπτυχιακούς φοιτητές μερικής φοίτησης, στα οποία περιλαμβάνεται και ο χρόνος εκπόνησης διπλωματικής εργασίας.