Το Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Πολιτικό Σύστημα και Δημόσιες Πολιτικές».
Η χρονική διάρκεια για την απονομή του Δ.Μ.Σ. ορίζεται σε τρία (3) εξάμηνα σπουδών, εκ των οποίων το τελευταίο εξάμηνο σπουδών διατίθεται αποκλειστικά για τη συγγραφή Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας (Μ.Δ.Ε.).